Золоторудную сырьевую базу комбината составляют 13 месторождений - это около 85 процентов всех разведанных запасов золота Узбекистана. Большая часть месторождений уже отрабатывается или планируется к освоению в ближайшее время. На долю НГМК приходится более 80 процентов всего золота, производимого в республике.

НГМК является одним из немногих в мире предприятий с полным "золотым" циклом: от эксплуатационной доразведки запасов в недрах до производства и реализации ювелирных изделий из него.

Центральное рудоуправление НГМК играет определяющую роль в экономике комбината (производство золота 85,9% в 2009 г.). Уникальное по запасам золота месторождение Мурунтау считается самым крупным объектом из известных на Евразийском континенте и разрабатывается одноименным карьером с 1967 г. Его руды относятся к золотокварцевому типу и характеризуются высоким извлечением золота при переработке руды по гравитационно-сорбционной схеме. Для переработки этих руд и выпуска аффинированного золота в 1969г. введен в эксплуатацию гидрометаллургический завод №2 (ГМЗ-2). Зарафшанский золотоизвлекательный комплекс служит производственной базой для отработки новых научных идей и технологий.

Одним из основных направлений технического прогресса при разработке месторождения Мурунтау явилось внедрение циклично-поточной технологии горных работ с использованием комбинированного автомобильно-конвейерного транспорта. На её долю в последние годы приходится до 70% объёмов транспортировки вскрышных пород и до 50% объёмов транспортировки добываемой руды.
В числе приоритетных задач - реализация крупного проекта по строительству крутонаклонного конвейера и нового перегрузочного пункта руды. После запуска в эксплуатацию данный конвейер обеспечит подъём руды с нижних горизонтов карьера на высоту 270 метров с производительностью до 50 тысяч тонн в сутки.

Обновлённый и реорганизованный Рудник кучного выщелачивания золота набирает производственные обороты. Восстановлен и запущен в работу второй дробильно-сортировочный комплекс, позволяющий значительно увеличить надёжность подачи руды. Его основная задача - переработка золотосодержащей забалансовой руды со складов карьера Мурунтау. Извлечение драгоценного металла происходит методом кучного выщелачивания, который позволяет рентабельно вовлекать в эксплуатацию руды с низким содержанием золота.

Для переработки руд месторождения Мурунтау впервые в мировой практике применена схема сорбционно-безфильтрационной технологии извлечения золота из цианистых пульп, использована схема мокрого полусамоизмельчения на мельницах ММС, разработана и внедрена технология попутного получения аффинированного серебра и палладия.

Объемы золотодобычи в республике неуклонно растут, при этом в производство внедряются новые технологии. В связи с тем, что запасы окисленных руд ограничены (15-20 % разведанных запасов) одновременно с эксплуатацией комплекса проведены научно-исследовательские и проектные работы на переработку сульфидных руд, по результатам которых в качестве наиболее приемлемого варианта выбрана технология бактериального окисления сульфидсодержащего флотационного концентрата (BIOX®).
В 2009 году осуществлен поэтапный ввод в действие первой очереди комплекса BIOХ® по переработке упорных сульфидных руд месторождения Кокпатас. Это позволило увеличить выпуск золота и создать дополнительные рабочие места.

Зармитанский золотоизвлекательный комплекс базируется на месторождениях Марджанбулак, Гужумсай, Промежуточное, Чармитан и Каракутан Самаркандского золоторудного района.

В 2006 г. начата реализация проектов по строительству горнорудного комплекса месторождений Зармитанской золоторудной зоны, которые реализуются с целью вовлечения в отработку запасов вновь разведанных месторождений, восполнения выбывающих мощностей и продления срока службы существующих комплексов, развития производственных мощностей и инфраструктуры в регионе.

В 2009 году по результатам мониторинга, проводимого Лондонской Ассоциацией Рынка Слитков, золото Мурунтау получило подтверждение статуса его «оптимальной поставки». Товарный знак Узбекистана на золотых слитках имеет признание во всем мире, как отражающий наивысшее качество продукции.