Kombinat tuzilmasiga respublikaning turli viloyatlarida joylashgan beshta shahar tashkil etuvchi kon boshqarmasi kiradi. Kombinatning markaziy ofisi Navoiy shahrida joylashgan. Navoiy shahri geografik jihatdan Toshkent shahridan 500 km masofada, qadimgi Buxoro va Samarqand shaharlarining o'rtasida joylashgan. Respublika poytaxti bilan Navoiy shahri temir yo'l, avtomobil va avia aloqasi orqali bog'langan. Navoiyda joylashgan:

• NKMK boshqarmasi (markaziy ofis)- kombinatning ma'muriy-boshqaruv markazi;
• Uran chala oksida-oksidi, reniy va oltin chiqarish bo'yicha 1- sonli gidrometallurgiya zavodi (1-GMZ);
• "Navoiy mashinasozlik zavodi" ishlab chiqarish birlashmasi;
• Markaziy geologiya-qidiruv partiyasi;
• Tajriba-metodik ilmiy-tekshiruv geologiya-texnologik partiyasi;
• Markaziy ilmiy-tekshirish laboratoriyasi;
• Issiq suv ta'minoti va energiya ta'minotini tashkil etish;
• "Do'stlik" agrofirmasi;
• Uy-joy kommunal boshqarmasi.

• Markaziy kon boshqarmasi (MKB, Zarafshon sh.): tarkibida oltin bo'lgan ma'danni kazib olish bo'yicha Muruntau ochiq kon ishlari koni; tarkibida oltin bo'lgan ma'danni qayta ishlash bo'yicha gidrometallurgiya zavodi (2-GMZ); 3 sonli geologiya-qidiruv partiyasi; Muruntau geologiya-qidiruv partiyasi; oltinni tanlab eritmaga o'tkazish koni; "Qizilqum fosforit kompleksi; EPM zavodi.
• Zargarlik zavodi.
• Zarafshon qurilish boshqarmasi (ZUS, Zarafshon sh.)- yettita qurilish boshqarmasini o'z ichiga oladi; mexanizasiyalashgan ishlar boshqarmasi; ishlab chiqarish-texnologik komplektasiya boshqarmasi.

• Shimoliy kon boshqarmasi (ShKB, Uchkuduk sh.) - uran, oltin, marmar, granit, qurilish materiallarini kon- qayta ishlovchi komplekslar: uranni yer ostida tanlab eritmaga o'tkazish koni; tarkibida oltin bo'lgan ma'danni qazib olish bo'yicha konlar; 3 sonli gidrometallurgiya zavodi(3-GMZ); sulfat kislota zavodi, tosh kesish zavodi, 2 sonli geologiya-qidiruv partiyasi.

• Janubiy kon boshqarmasi (JKB, Nurobod sh.) - uranni yer ostida tanlab eritmaga o'tkazish va marmarni ochiq qazib olish konlari, tosh kesish zavodi, tarkibida oltin bo'lgan ma'danni qazib olish bo'yicha konlar; 4 sonli gidrometallurgiya zavodi(4-GMZ); polivinilxlorid va polietilen trubalarni tayyorlash zavodi; qishloq xo'jaligi va chorvachilik mahsulotlari ishlab chiqarish.

• 5 sonli kon boshqarmasi (5-KB, Zafarobod sh.) - uranni yer ostida tanlab eritmaga o'tkazish konlari, asosiy ishlab chiqarishning ritmik ishini ta'minlovchi yordamchi xizmatlarning zarur bo'lgan kompleksi.

• "Qimmatbaho metallar va uran geologiyasi" ilmiy-ishlab chiqarish markazi O'zbekiston Respublikasining butun hududida qimmatbaho metallar, uran va ularga yo'ldosh foydali qazilmalarning geologiya-qidiruv ishlarini tashkil etadi.